V rámci skúšobného projektu s názvom „Identifikácia špičkových vedeckých tímov vysokých škôl na Slovensku“ zaradila Akreditačná komisia v roku 2014 medzi špičkové vedecké tímy vysokých škôl na Slovensku aj dva vedecké tímy pôsobiace na Prírodovedeckej fakulte a jeden na Lekárskej fakulte. Na základe druhej výzvy bol v roku 2017 priznaný status špičkového tímu ďalším trom tímom.
Do konca roku 2022 pôsobilo na Univerzite Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach šesť špičkových vedeckých tímov – Kvantový magnetizmus a nanofyzika (QMAGNA) na Prírodovedeckej fakulte UPJŠ v Košiciach, Tím výskumu bioaktívnych látok pre biomedicínske aplikácie (Bioaktiv) na Prírodovedeckej fakulte UPJŠ v Košiciach, Excelentný tím pre výskum aterosklerózy (EXTASY) na Lekárskej fakulte UPJŠ v Košiciach, Tím pre špičkový výskum anorganických materiálov (TRIANGEL) na Prírodovedeckej fakulte UPJŠ v Košiciach, Košická skupina diskrétnej matematiky (KOSDIM) na Prírodovedeckej fakulte UPJŠ v Košiciach a Onomaziológia – slovotvorba – typológia (OST) na Filozofickej fakulte UPJŠ v Košiciach. V roku 2023 pôsobili na UPJŠ v Košiciach už len tri špičkové tímy – TRIANGEL, KOSDIM a OST. V súčasnosti pôsobenie špičkových tímov nie je finančne podporené zo štátneho rozpočtu.
