Традиція університетської освіти на території нашого міста виникла ще в 1657 році, коли єпископ Бенедикт Кішді видав грамоту про заснування академії «studium universale» і передав їй 40 000 талерів. Академію або Університет було створено під керівництвом єзуїтів «Товариства Ісуса». У 1660 році імператор Леопольд І Габсбург видав у Граці золоту буллу Кошицького університету, що давала йому такі ж привілеї, які мали університети Габсбурзької монархії у Відні, Празі, Кельні, Граці, Трнаві, Оломоуці та інших європейських містах. Важливим було положення про визнання вчених ступенів так, ніби вони були отримані в будь-якому з найстаріших та найвідоміших університетів. Структура «Academia Cassoviensis» була подібною до структури інших університетів, якими керували єзуїти, вона визначалася положенням про організацію навчального процесу «Ratio studiorum».
Університет очолював ректор, віце-ректор та канцлер, на чолі факультетів стояли декани. На той час основним факультетом був теологічний факультет. Крім нього, до складу університету входили філософський і юридичний факультети. На філософському факультеті викладали філософію, історію, мови, вивчалися тут і природничі науки, такі як фізика, математика, географія і ботаніка. У Кошицькому університеті працювали відомі професори, як-от: Мартін Палкович, Самуель Тімон, Штефан Капріані, Карол Вагнер, Юрай Скленар, Міхал Ліпшич, який популяризував нову фізику на території усієї монархії, та інші. Лекції для студентів різних національностей тодішньої Австро-Угорщини читали в університеті професори та ад’юнкт-професори.
Мовою викладання була латинська мова. Університет мав свою бібліотеку, костел, друкарню, до нього належали й інші установи, такі як гімназія, семінарія, гуртожиток-інтернат, управління підпорядкованих сіл та іншого майна. Університетові належало багато населених пунктів на Спіші, в Абовському та Земплінському комітатах, з-поміж ґемерських міст йому належала Єлшава. У XVII – XVIII ст. Кошицький університет значним чином вплинув на розвиток науки, освіти й духовної культури.
1959 – давні університетські традиції були відроджені шляхом заснування Університету ім. Павла Йозефа Шафарика, який складався з медичного факультету в Кошицях і філософського факультету в Пряшеві (хоч медичний факультет існував ще з 1949 року як частина Університету Коменського в Братиславі).
Згодом у новому університеті з’явилися такі факультети:
1963 – факультет природничих наук у Кошицях
1964 – педагогічний факультет у Пряшеві
1973 – юридичний факультет у Кошицях
1998 – факультет державного управління 2007 – філософський факультет
2010 – інститут фізичного виховання і спорту
