Сьогодні в УПЙШ є п’ять факультетів – медичний, юридичний, філософський факультети, факультет природничих наук і факультет державного управління. Тут готують лікарів, фахівців у галузі природничих дисциплін, фізики, хімії, географії, математики, інформатики, викладачів, юристів, фахівців у галузі державного управління, філософії, іноземних мов, етики, психології, історії, політології і соціальної роботи.
Крім вказаних п’яти факультетів, Університет в межах Інституту фізичного виховання надає освітні послуги за навчальною програмою у галузі спорту. Випускники цього другого найстаршого класичного словацького університету мають добре реноме в Словаччині й за кордоном.
Університет надає повну вищу освіту за гуманітарними, природничими, юридичними та медичними галузями наук. Університет пропонує 109 бакалаврських навчальних програм, 67 магістерських навчальних програм і 45 навчальні програми для здобуття наукового ступеня «PhD».
Це єдиний університет, який пропонує студентам Сертифіковані міждисциплінарні блоки, що складаються з предметів окремих факультетів, після закінчення яких студенти отримують міжнародні сертифікати. В межах програми «Erasmus+» Університет пропонує студентам різні можливості стажування і навчання за кордоном в університетах-партнерах.
