Ústav biologických a ekologických vied v rámci svojich aktivít spolupracuje s domácimi výskumnými inštitúciami, pracoviskami Slovenskej akadémie vied a mnohými slovenskými univerzitami, ale aj zahraničnými partnermi, napr.:
Adam Mickiewicz University, Faculty of Biology, Poznaň, Poland
Aristotelova Univerzita v Solúne, Grécko
Biofyzikální ústav AV ČR, Brno
Fyzikálny a technický ústav nízkych teplôt Ukrajinskej akadémie vied, Charkov, Ukrajina Hebrejská Univerzita v Jeruzaleme, Izrael
Institute of Ecology PAS, Lublin, Poľsko
Lekárska univerzita vo Viedni, Rakúsko
Národní muzeum, Praha
Onkologický výskumný ústav v St. Peterburgu, Rusko; Korvínova Univerzita v Budapešti, Maďarsko
Poľnohospodárske výskumné centrum, Mikkeli, Fínsko
Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita, České Budějovice
Přírodovědecká fakulta, Masarykova Univerzita, Brno
Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova, Praha
Szent István University, Faculty of Veterinary science, Budapešť, Maďarsko
Szent István University, Gödöllő, Maďarsko
Technická univerzita, Dortmund, Nemecko
Universidade de Sao Paulo, Brazília
Universita di Siena, Taliansko
Universita di Parma, Taliansko
Universita di Napoli FEDERICO II, Taliansko
University of Western Ontario, London, Kanada
Univerzita sv. Klimenta Ohridského v Sofii, Bulharsko
Univerzita v Dortmunde, Nemecko
Univerzita v Bayreuthe, Nemecko
Univerzita v Minnesote, USA
Univerzita v Oulu, Fínsko
Ústav molekulovej virológie, Univerzita v Houstone, USA
Ústav půdní biologie – Biologické centrum AV ČR, České Budějovice
Viedenská univerzita, Rakúsko
Výskumný ústav rastlín v San Remo, Taliansko
