V roku 1998 vzniklo oddelením Laboratória výpočtovej techniky od Katedry matematickej informatiky a prechodom časti zamestnancov z ÚVT UPJŠ, ktorým sa realizoval príkaz rektora UPJŠ, účelové pracovisko Centrum aplikovanej informatiky (CAI). Hlavným poslaním CAI bolo v čase jeho vzniku vyvinúť a uviesť do prevádzky Akademický informačný systém (AIS). Ešte v roku 1998 schválil Akademický senát fakulty štruktúru CAI zloženú z dvoch oddelení: Oddelenie systémovej podpory a Oddelenie tvorby IS.
Pod záštitou vedenia fakulty a pod vedením prvého vedúceho CAI RNDr. Romana Sotáka, PhD. sa podarilo v krátkej dobe uviesť prvé moduly informačného systému do prevádzky na fakulte. Už v septembri 2001 sa tento informačný systém zaviedol aj na Univerzite Mateja Bela v Banskej Bystrici a v priebehu roku 2002 aj na Univerzite Konštantína Filozofa v Nitre, ako aj na Prešovskej univerzite v Prešove. Rastúci záujem o AIS na ďalších vysokých školách ako aj rastúce požiadavky na vývoj AIS v akademickej obci fakulty si vyžadovali stabilizáciu vývojového tímu. Od r. 2004 vedenie fakulty poverilo vývojom AIS doc. RNDr. Gabriela Semanišina, PhD. a hľadalo podporu vývoja AIS cestou centrálneho projektu MŠSR. Tento zámer sa podarilo naplniť od r. 2005. S podporou MŠSR bol postupne AIS implementovaný na 15 VŠ (Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach, Univerzita Konštantína Filozofa v Nitre, Prešovská univerzita v Prešove, Univerzita veterinárskeho lekárstva v Košiciach, Akadémia umení v Banskej Bystrici, Univerzita J. Selyeho v Komárne, Univerzita sv. Cyrila a Metoda v Trnave, Trenčianska univerzita Alexandra Dubčeka v Trenčíne, Katolícka univerzita v Ružomberku, Univerzita Mateja Bela v Banskej Bystrici Ekonomická univerzita v Bratislave, Vysoká škola múzických umení v Bratislave, Vysoká škola výtvarných umení v Bratislave) a 1 súkromnej VŠ (Stredoeurópska VŠ v Skalici).
Od konca roka 2005 zabezpečuje vývojový tím AIS i prevádzku verejnej Registračnej autority Certifikačnej autority DT-CA, a.s., čo umožnilo pilotne implementovať elektronický podpis do prihlášok na VŠ v AIS a predaj komerčných a kvalifikovaných certifikátov a príslušenstva.
V rokoch 2002 až 2005 viedol CAI Mgr. Peter Hamorský, od r. 2005 až do r. 2015 bol vedúcim pracoviska Ing. Marian Andrejko. Oddelenie systémovej podpory bolo v r. 2006 premenované na Oddelenie prevádzky. Pracovníci CAI poskytujú helpdesk pre všetky pracovné stanice zamestnancov PF. Je ich približne 1000. Infraštruktúra počítačovej siete PF je neustále vylepšovaná zdokonaľovaná v súlade s potrebami a svetovým trendom vývoja nezabúdajúc na zvyšovanie bezpečnosti. Jej štruktúra je v súčasnosti využívaná aj pre IP telefóniu, ktorá umožnila nahradiť staré analógové telefónne prístroje za nové IP telefónne prístroje odpovedajúce súčasnému trendu vývoja hlasovej komunikácie. Počítačová sieť PF so svojimi službami sa stala neodmysliteľnou súčasťou každodennej práce takmer každého pracovníka fakulty a jej správa si vyžaduje neustály dozor a sledovanie na zabezpečenie nepretržitej prevádzky. Oddelenie prevádzky sa stará o šesť fakultných počítačových učební, ktoré sú neustále inovované, tak aby spĺňali nároky najaktuálnejších softvérov používaných pri výučbe. Podieľa sa na budovaní a správe kamerového a bezpečnostného systému fakulty. Zabezpečuje prevádzku fakultnej serverovne a jej neustále technologické vylepšovanie v súlade s najmodernejšími vývojovými trendmi.
V budovách fakulty boli umiestnené voľne prístupné kiosky umožňujúce študentom kedykoľvek vstúpiť do AIS. Pre zlepšenie konektivity zamestnancov a študentov v priestoroch PF boli rozmiestnené prístupové body pre bezdrôtovú počítačovú sieť WiFi (http://wifi.upjs.sk) poskytujúce vstup do počítačovej siete fakulty s väčšou pružnosťou. Pracovníci CAI zabezpečovali podporu pri realizácii interných a externých školení v priestoroch počítačových učební. Vďaka dosiahnutej gramotnosti zamestnancov fakulty v oblasti IT nie je nutné v základných kurzoch pokračovať.
