Tradícia univerzitného školstva v Košiciach vznikla už v roku 1657 založením univerzity „Academia Cassoviensis“ biskupom Benediktom Kisdym. Zlatá bula , udelená 6. augusta 1660 rímskym cisárom Leopoldom I., zabezpečila univerzite podobné privilégiá ako univerzitám vo Viedni, v Prahe a v ďalších európskych mestách. Univerzita v zmenenej podobe, najprv ako Kráľovská, neskôr Právnická akadémia pretrvala až do roku 1921.
V modernej forme bola univerzita v Košiciach založená v roku 1959 ako druhá univerzita na Slovensku. Znamenala dôležitý príspevok k rozvoju vzdelávacích a vedecko-výskumných aktivít v Košiciach. Univerzita bola pomenovaná po vedcovi, básnikovi, jazykovedcovi, etnografovi a archeológovi Pavlovi Jozefovi Šafárikovi (1795 – 1861). V čase svojho vzniku pozostávala UPJŠ z Lekárskej a Filozofickej fakulty. Postupne boli vytvorené ďalšie fakulty UPJŠ v Košiciach a v Prešove: Prírodovedecká fakulta, Právnická fakulta, Pedagogická fakulta, Gréckokatolícka bohoslovecká fakulta a Pravoslávna bohoslovecká fakulta.
Univerzita P.J.Šafárika bola 1. januára 1997 rozdelená na dve univerzity : Univerzitu P.J.Šafárika v Košiciach a Prešovskú univerzitu v Prešove. Dnes je súčasťou UPJŠ v Košiciach 5 fakúlt: Lekárska fakulta, Prírodovedecká fakulta, Právnická fakulta, Fakulta verejnej správy a Filozofická fakulta.
Napriek tomu, že Prírodovedecká fakulta UPJŠ bola oficiálne zriadená 8. februára 1963 vládnym uznesením č. 17/1963 Zb., svoju činnosť slávnostne zahájila až 2. marca 1963 v priestoroch Štátneho divadla v Košiciach. Pri svojom slávnostnom zahájení činnosti mala fakulta iba prvý ročník s 54 poslucháčmi, ktorí začali študovať v Košiciach už v septembri 1962, keď Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského, so súhlasom nadriadených orgánov, dislokovala do Košíc časť svojich študentov 1. ročníka, zapísaných do učiteľských kombinácií matematika-fyzika, fyzika-chémia a biológia-chémia. Po absolvovaní druhého ročníka sa desiati z týchto prvých študentov rozhodli pokračovať v jednoodborovom štúdiu fyziky a biológie. Tým boli položené základy jednoodborového zamerania.
Mimoriadne zásluhy na založení fakulty mal jej prvý dekan, profesor Vladimír Hajko, ktorý dal fakulte pevný organizačný základ a vytýčil hlavné smery jej ďalšieho rozvoja, ktoré sú aktuálne dodnes.
Na založení fakulty sa výraznou mierou podieľali existujúce vysokoškolské inštitúcie, a to predovšetkým Vysoká škola technická v Košiciach a Lekárska fakulta Univerzity P. J. Šafárika v Košiciach. Ich ústretový prístup, pomoc Ministerstva školstva a mimoriadne úsilie prvého dekana Prírodovedeckej fakulty, profesora Vladimíra Hajka, umožnili budovať na novovzniknutej fakulte štyri základné odbory – biológiu, fyziku, chémiu a matematiku.
Akademik Vladimír Hajko – prvý dekan PF UPJŠ
(3. október 1920 – 24. júl 2011)
Vďaka jeho manažérskemu talentu sa začal realizovať zaujímavý model vzniku fakulty. Vedenie VŠT súhlasilo s dočasným presunom svojej Katedry fyziky na novovzniknutú Prírodovedeckú fakultu UPJŠ. Až do 1.9.1967 táto katedra zabezpečovala výučbu nielen na PF UPJŠ ale aj na všetkých fakultách VŠT. Za ten čas akcelerovalo vybudovanie fyzikálnych pracovísk pod vedením prof. Hajka a prof. Szaba tak razantne, že 1.9.1967 bol možný návrat časti katedry opäť na VŠT, pričom na PF vznikli 3 nové katedry (Katedra jadrovej fyziky – prof. Dubinský, Katedra teoretickeh fyziky a geofyziky – prof. Kolbenheyer, Katedra experimentálnej fyziky – prof. Hajko). V priebehu nasledujúcich rokov následne v lone Katedry experimentálnej fyziky bolo vybudované Oddelenie didaktiky fyziky a v lone Katedry jadrovej fyziky vznikla Katedra biofyziky.
Podobný model bol prijatý aj pri budovaní biológie, keď Katedra biológie LF UPJŠ zabezpečovala od 1.9.1963 spoločne výučbu biologických predmetov na oboch fakultách UPJŠ pod vedením prof. Prasličku, ktorý taktiež dokázal v priebehu 5 rokov vybudovať biologické pracoviská tak, že už v r. 1968 mohli vzniknúť ďalšie samostatné katedry, okrem priestorov na Moyzesovej 11 sa získali nové priestory pre Katedru botaniky a genetiky a Katedru ekologickej a systematickej zoológie na Mánesovej 23. Na výskumnú orientáciu biológie mala vplyv spolupráca s Biologickým ústavom SAV, vďaka ktorej vzniklo špecializované rádiobiologické laboratórium PF, ktoré úspešne budovali manželia Ahlersovci na Katedre fyziológie živočíchov a človeka.
Vybudovanie chemických katedier by sa len ťažko realizovalo bez podpory Hutníckej fakulty TU v KE pod vedením prof. Mathernyho a KCH LF UPJŠ pod vedením MUDr. Barnu. Obe katedry v ťažkých začiatkoch poskytli potrebnú personálnu, materiálnu i priestorovú výpomoc rodiacej sa Katedre chémie PF, ktorá už v r. 1965 bola personálne pripravená na vytvorenie Katedry organickej chémie a Katedry anorganickej chémie. Vývoj chémie vďaka jej osobnostiam dynamicky napredoval aj v ďalších dekádach minulého storočia. Okrem Katedry fyzikálnej chémie a anorganickej chémie sa ako najmladšie pracovisko do zväzku chemických katedier začlenila Katedra biochémie, ktorú založil prof. Podhradský.
Aj Katedra matematiky PF od septembra 1963 pod vedením prof. Palaja sa opierala o pomoc najmä učiteľov KM VŠT v KE a externých učiteľov z ďalších VŠ v bývalom Československu (UJEP v Brne, UK BA, VŠD v ZA…). Významnou pomocou bol najmä príchod prof. Jucoviča z PdF UPJŠ v r. 1970, čím mohli vzniknúť dve matematické katedry, ako základ pre štandardnú štruktúru matematických pracovísk tvorenú najmä Katedra matematickej analýzy a Katedra geometrie a algebry. Z lona matematických pracovísk sa začala budovať aj informatika s osobným prispením prof. Bukovského, ktorý najprv založil oddelenie teoretickej kybernetiky a matematickej informatiky pri Katedre matematickej analýzy, ktoré postupne v r. 1986 mohlo vytvoriť samostatnú katedru, ktorá v r. 2002 sa transformovala na súčasný Ústav informatiky.
Najmladšou komunitou na fakulte je komunita geografov. Základný kameň geografie bol na fakulte osadený vedením fakulty pod vedením pána dekana Fehera a to prijatím prof. Koštialika a doc. Hochmutha. Za obdobie 14 rokov svojej existencie sa podarilo ústav vybudovať tak, že sa postupne akreditovalo najprv učiteľské štúdium, potom jednoodborové bakalárske štúdium a následne aj jednoodborové magisterské štúdium. Komunita UGE sa stala neodmysliteľnou súčasťou akademickej obce fakulty.
Dekani Prírodovedeckej fakulty od roku 1963
Akademik V. Hajko
1963 – 1969
Akademik T. Kolbenheyer 1969 – 1972 
Prof. RNDr. J. Daniel-Szabó
1972-1985
Doc. RNDr. P. Šoltés, CSc. 1985-1986 
doc. RNDr. J. Skoršepa, CSc. 1986-1989 
prof. Ing. D. Podhradský, DrSc. 1990-1997 
prof. RNDr. A. Feher, Dr.Sc. 1997-2003 
prof. RNDr. P. Sovák, CSc. 2003-2011 
prof. RNDr. G. Semanišin, PhD. 2011-2019
Galéria osobností pôsobiacich na PF UPJŠ
Posluchárne pomenované na počesť významných osobností
Osobnosti a inštitúcie ocenené medailou PF UPJŠ
