Aj keď je vymieranie a vznik druhov je prirodzenou súčasťou evolúcie, v súčasnosti zaznamenávame zrýchlené vymieranie druhov, ku ktorému dochádza v dôsledku ľudskej činnosti. Rastliny sú ohrozené z viacerých dôvodov. K najdôležitejším patrí:
- zmena podmienok prostredia a zmenšovanie areálov, kde sú tieto rastliny schopné rásť a prosperovať
- rastliny dekoratívneho vzhľadu, rastliny liečivé a úžitkové môžu byť ohrozené aj nadmerným zberom na lokalitách ich prirodzeného výskytu.
Rastlinné druhy, ktoré sú ohrozené alebo zraniteľné, sú chránené podľa platnej legislatívy, predovšetkým podľa zákona NR SR č. 543/2002 Z.z o ochrane prírody a krajiny v znení neskorších predpisov. Reguláciu komerčných aktivít s voľne rastúcimi rastlinami upravujú medzinárodné dohovory CITES o ochrane druhov voľne žijúcich živočíchov a rastlín reguláciou obchodu s nimi, u nás pretransformované do zákona NR SR č. 15/2005 v znení neskorších predpisov.
V zbierkach Botanickej záhrady sa vyskytujú rastliny chránené oboma týmito zákonmi. Podľa zákona NR SR č. 543/2002 Z.z sú chránené predovšetkým rastliny s pôvodným výskytom na Slovensku, v našich zbierkach nájdete napr. poniklec slovenský – Pulsatilla slavica Reuss, perovník pštrosí – Matteuccia struthiopteris (L.) Tod., žltohlav obyčajný – Trollius altissimus Crantz, lekno biele – Nymphaea alba L., atď. Podľa zákona NR SR č. 15/2005 sú chránené predovšetkým rastliny ohrozené komerčnými aktivitami, v našich zbierkach sú to predovšetkým exotické rastliny, napr. celá rozsiahla zbierka kaktusov (Cactaceae).
 |  |  |
| Pulsatilla slavica | Matteuccia struthiopteris | Trollius altissimus |
