Súčasťou exteriérových expozícií je sústava vodných prvkov. Pozostáva z hlavnej vodnej nádrže so stupňovitou vodnou kaskádou na centrálnej Ekologickej náučnej ploche (ENP). Umelý potok, ktorý je vodou z hlavnej nádrže napájaný, meandruje naprieč ENP a po približne 180 metroch ústi do „dolného jazierka“. Pozdĺž potoka sa nachádzajú v skupinách malé izolované nádrže so sortimentom močiarnych rastlín. Okrem vodného okruhu v blízkosti dolného jazierka leží tzv. „zazemnené jazierko“, do ktorého vyúsťujú priesakové vody zo všetkých exteriérových expozícií a dosycujú tak vlahou aj okolie tejto čiastočne prírodnej nádrže s mokraďovou vegetáciou. Na prelome sezón 2019/2020 prebehla zásadná rekonštrukcia poškodených dolných jazierok a priniesla obnovenie základných funkcií. Umožnila prevádzkovanie jazierok pri zvýšenej hladine vody, vyriešila odkaľovanie a prirodzené čistenie vody vo vodnom okruhu, umožnila vytvorenie atraktívneho biotopu pre vodné rastliny a živočíchy. Bolo tiež vyriešené pôvodne nefunkčné prepojenie na susediaci zazemnený bazén a okolité výsadby. V terénnom zlome na okraji skalkových úprav sa nachádza umelo vytvorený močiarny biotop. „Bažina“ je dosycovaná príležitostnými prírodnými zrážkami stekajúcimi zo svahu a v čase sucha je zabezpečovaná vlaha podpornou závlahou.
Jazierko na pramenisku pod Mini ZOO je ovplyvňované čerstvou vodou z jediného prirodzeného prameňa v areáli BZ. Pod prameniskom, popri odtoku z jazierka a na päte priľahlého svahu sa darí vlhkomilnej vegetácii. Tá sa rozvíja sčasti prirodzenou cestou a čiastočne bola podporená umelou výsadbou.
Vodné prvky vo vonkajšom areáli Botanickej záhrady UPJŠ:
- Hlavný bazén na ekologickej náučnej ploche s vodnou kaskádou
- Potok
- Samostatné malé nádrže v okolí potoka
- Dolné jazierko
- Zazemnené jazierko
- Bažina
- Jazierko na pramenisku a jeho okolie
Všeobecné informácie o leknách v botanickej záhrade.
Pestovanie a opis lekna Nymphaea alba.
Pestovanie a opis lekna Nymphaea hybrida.
Všeobecné informácie o ostatných vodných a močiarnych rastlinách.
Katalóg vodných a močiarnych rastlín s ich opisom.