Pestované rastliny v areáli BZ UPJŠ sú ohrozované širokým spektrom škodlivých činiteľov. V skleníkoch je to predovšetkým škodlivý hmyz a roztoče, čiastočne hubové patogény, vo vonkajšom areáli najmä nežiadúca vegetácia, raticová zver, ojedinele aj niektoré škodlivé bezstavovce. Vzhľadom na snahu minimálne zaťažovať životné prostredia je tu snaha používať čo najšetrnejšie metódy (prírode blízke postupy) pri regulácii týchto škodcov a patogénov. V obmedzenej miere a na určitých miestach sú to v prípade nevyhnutnosti síce stále aj klasické pesticídy, ale inak sú uprednostňované mechanické a biologické prostriedky v rámci postupov Integrovanej ochrany rastlín. Významným míľnikom v histórii našej botanickej záhrade bol rok 2006, kedy sa začalo s programom biologickej ochrany v skleníkoch. Odvtedy sú takmer všetky skleníky pre návštevníkov (okrem skleníka so sukulentmi) v režime biologickej ochrany a klasické pesticídy sa v uvedených priestoroch odvtedy nepoužili. Týmto vytvárame zdravšie prostredie pre návštevníkov aj zamestnancov, nie sú ohrozené zámerne chované živočíchy (ryby, exotické motýle) a príslušné skleníky sú stále prístupné bez obmedzení, ktoré v minulosti súviseli s chemickými zásahmi. Sme jedinou botanickou záhradou na Slovensku, ktorá v takejto miere využíva užitočné dravé a parazitické druhy hmyzu, roztočov a iných živočíchov, ako aj entomopatogénne huby a baktérie. Vďaka aplikovanej biologickej ochrane tak môžu návštevníci vidieť aj praktické využitie poznatkov o vzťahoch medzi rastlinami, fytofágmi a ich prirodzenými nepriateľmi. Túto ekológiu v praxi sa snažíme prezentovať verejnosti aj prostredníctvom informačných tabúľ.
