Okrem zbierok živých rastlín sa v Botanickej záhrade UPJŠ nachádza aj herbár. Herbár predstavuje zbierku špeciálne usušených rastlín – herbárových položiek. Tieto sú unikátnym dokladom o výskyte istého rastlinného druhu na určitom mieste a v určitom čase. Umožňujú rôzne vedecké štúdie a poskytujú napr. aj informácie pre prax ochrany prírody – informácie o dynamike populácií vzácnych rastlín, o šírení inváznych druhov a pod.
Herbár Botanickej záhrady je súčasťou siete verejných herbárov, v medzinárodnej databáze má kód KO.
Herbár obsahuje cca. 60 tisíc položiek, z toho údaje o 35 tisícoch z nich sú zaznamenané v elektronickej databáze. V súčasnosti prebieha digitalizácia jednotlivých herbárových položiek, čím sa zlepší dostupnosť informácií pre širokú botanickú a ochranársku verejnosť.
Herbárová zbierka obsahuje položky machov, húb, lišajníkov, ale najmä vyšších rastlín. Pochádzajú najmä z Karpatsko – Panonského regiónu, z Európy, ale, v súlade s expedíciami jednotlivých zberateľov, máme aj herbárové položky z Antarktídy a Ázie. Najstaršie položky pochádzajú z roku 1851.
Požiadavky na vedecké štúdium položiek a ďalšie informácie o herbárovej zbierke a dostupnosti digitalizovaných taxónov adresujte kustódke herbára: RNDr. Lenka Mártonfiová, PhD. (lenka.martonfiova@upjs.sk).
Medzinárodný index herbárií: Index Herbariorum – The William & Lynda Steere Herbarium (nybg.org).