V roku 2006 sa pôvodné Gynekologicko-pôrodnícke oddelenie transformovalo na III. gynekologicko-pôrodnícku kliniku Slovenskej zdravotníckej univerzity a získalo štatút pre postgraduálne vzdelávanie v rámci špecializácie v odbore gynekológia a pôrodníctvo. V roku 2012 sa klinika začlenila medzi klinické výučbové základne LF UPJŠ a stala sa Gynekologicko-pôrodníckou klinikou LF UPJŠ, kde sa okrem postgraduálnej výchovy etablovala aj výučba pregraduálna v rámci doktorského študijného programu všeobecného lekárstva.
Výrazný progres nastáva v oblasti feto-maternálnej medicíny. Vznik certifikovaného centra The Fetal Medicine Foundation London umožnil zavedenie pokročilej ultrazvukovej prenatálnej diagnostiky
