Vedeckovýskumná činnosť zamestnancov UPJŠ, Lekárskej fakulty je realizovaná riešením vedeckých projektov základného a aplikovaného výskumu podporovaného jednotlivými ministerstvami SR (napr. APVV, VEGA, projekty zo ŠF EÚ) ako aj medzinárodných projektov (napr. Horizont). Okrem toho má univerzita zavedený Vnútorný vedecký grantový systém UPJŠ v Košiciach a podobný systém podpory mladých vedeckých pracovníkov má aj Lekárska fakulta – Grantový systém doktorandov.
Každoročne sú na univerzite aj lekárskej fakulte organizované študentské vedecké konferencie (ŠVOČ), ako aj mnohé iné vedecké a odborné podujatia, vrátane medzinárodných, na ktorých môžu zamestnanci i doktorandi prezentovať výsledky dosiahnuté v rámci svojej vedeckovýskumnej činnosti. Univerzita má akreditovaný tretí stupeň vysokoškolského štúdia (doktorandské štúdium) v študijných odboroch: všeobecné lekárstvo, zubné lekárstvo, farmácia, verejné zdravotníctvo. Výchova doktorandov je kľúčová pre rozvoj vedecko-výskumnej činnosti na fakulte.
