Ústav súdneho lekárstva bol zriadený v septembri roku 1948 v rámci založenia pobočky Lekárskej fakulty Univerzity v Bratislave, a to spočiatku ako súčasť Katedry verejného zdravotníctva, neskôr ako samostatná Katedra súdneho lekárstva a potom opäť ako súčasť katedier vytvorených združením menších pracovísk až do zrušenia katedier a vzniku samostatného ústavu. Ústav sídlil do roku 2010 na Šrobárovej ulici č. 57 v historickej budove Univerzity P. J. Šafárika, následne sa presťahoval na Triede SNP č. 1 do hlavnej budovy Lekárskej fakulty, kde pôsobí aj v súčasnosti.
Do roku 2005 bol Ústav súdneho lekárstva spoločným pracoviskom Lekárskej fakulty UPJŠ a Fakultnej nemocnice L. Pasteura v Košiciach, čím zabezpečoval široké spektrum súdnolekárskych služieb vrátane pitiev a toxikologických analýz pre zdravotníctvo a orgány činné v trestnom konaní pre spádové územie celého východného Slovenska. Zároveň poskytoval aj pregraduálnu a postgraduálnu výučbu študentov medicíny a neskôr aj práva.
Veľkou zmenou v činnosti ústavu bol vznik Úradu pre dohľad nad zdravotnou starostlivosťou 01.01.2005 v súlade so Zákonom NR SR 581/2004 Z. z. s oddelením zdravotníckej zložky ústavu, ktorú zastrešovala FNsP L. Pasteura a vytvorením samostatného Súdnolekárskeho a patologickoanatomického pracoviska. Uvedenými zmenami sa súdnolekárske služby presunuli na novovzniknuté pracovisko a na ústave ostali pedagogickí zamestnanci, ktorí aj v súčasnosti zastrešujú pedagogické a vedecko-výskumné aktivity ústavu.
Ako prvý viedol ústav od roku 1948 prof. MUDr. Jozef Lukáči, ktorý bol súčasne v rokoch 1957-1963 a 1971-1985 dekanom Lekárskej fakulty a viac rokov i prodekanom a prorektorom Univerzity. Prvými asistentmi na ústave boli dvaja poslucháči medicíny. Od roku 1950 boli medzi asistentmi už aj lekári a od roku 1956 iba lekári. Za prvého zástupcu prednostu (primár) bol v roku 1963 vymenovaný MUDr. Štefan Haluška, po ňom túto funkciu zastával MUDr. Anton Gavel, MUDr. Dalibor Kállay, MUDr. Miroslav Szabó a MUDr. Vlasta Vyhnálková, ktorá v súčasnosti vedie Súdnolekárske a patologickoanatomické pracovisko ÚDZS v Košiciach.
V roku 1990 vedenie ústavu prevzal doc. MUDr. František Longauer, CSc., ktorý ho viedol do roku 2006. Veľkým prínosom pre Lekársku fakultu UPJŠ v Košiciach, ako aj pre celú Univerzitu bolo jeho pôsobenie vo funkcii prodekana pre zahraničné styky v rokoch 1990-1991, prorektora pre zahraničné styky v rokoch 1991-1994 a funkcia dekana Lekárskej fakulty UPJŠ v rokoch 1994-1997. Počas tohto obdobia aj vďaka vynikajúcim jazykovým znalostiam zabezpečil početné kontakty s univerzitami na medzinárodnej úrovni vrátane výučby zahraničných študentov a zahraničných študijných pobytov. V roku 1996 bol prezidentom Asociácie lekárskych fakúlt SR. Doc. Longauer sa významnou mierou pričinil o rozvoj odboru Súdne lekárstvo, podieľal sa na príprave a implementácii koncepcie súdneho lekárstva ako samostatného medicínskeho odboru, pričom pôsobil aj ako krajský odborník MZ SR pre súdne lekárstvo a predseda Slovenskej súdnolekárskej spoločnosti.
Na ústave od jeho vzniku pracovali títo významnejší pracovníci: MUDr. Vojtech Klepsatel, MUDr. Jozef Čerman, Ing. Rudolf Kemka, doc. MUDr. Andrej Nicák, CSc., MUDr. Andrej Hugec, MUDr. Ján Farius, MUDr. Ján Mihok, MUDr. Július Chriašteľ, MUDr. Ondrej Melich, MUDr. Pavol Zelenák, Ing. Stanislav Koudela, MUDr. Ladislav Darvaš, MUDr. Ladislav Vámoši, MUDr. Valéria Kardošová, MUDr. Mária Dandárová. Ako pedagogickí zamestnanci na ústave pôsobili doc. MUDr. Augustín Urbanský, CSc., doc. MUDr. Edita Maárová, CSc., Ing. Klára Makovická a ako vedecká pracovníčka RNDr. PhMr. Mária Adamová, CSc. Od roku 1996 pracujú na ústave doc. MUDr. Silvia Farkašová Iannaccone, PhD. a MUDr. Nikita Bobrov, CSc., ktorý nastúpil na miesto prednostu v roku 2006 a pôsobil na ústave do roku 2019. Od roku 2020 je ústav pod vedením doc. MUDr. Silvie Farkašovej Iannaccone, PhD.
