Výskum ústavu sa venuje:
a) patogenetickým otázkam vzniku a vývoja vybraných ochorení využívajúc moderné metódy proteomiky, lipidomiky a metabolomiky resp. genomiky (v spolupráci s UEM a inými pracoviskami)
b) metódy a aplikácie multimodálnych neinvazívnych techník monitorovania fyziologických funkcií a ich hodnotenie vrátane indexov autonómneho nervového systému v rôznych patofyziologických súvislostiach (v spolupráci s inými pracoviskám)
c) patogenetickým otázkam vývoja komplikácií pri diabete (gastroparéza, gestačný diabetes) v spolupráci s inými pracoviskami
