Ústav histológie a embryológie bol zriadený v akademickom roku 1949/1950, kedy sa začala činnosť teoretických ústavov na Lekárskej fakulte v Košiciach.
Základy histologického pracoviska a jeho prvú pracovnú koncepciu vypracoval prof. MUDr. Ivan Stanek, prednosta Histologicko-embryologického ústavu LF UK v Bratislave. Významne sa podieľal na zriadení ústavu po stránke odbornej a materiálnej, zabezpečením literatúry pre knižnicu ústavu, poskytovaním histologických preparátov, nákresov a diapozitívov. Na budovaní ústavu sa významne podieľal aj prof. MVDr. et RNDr. Vlastimil Vrtiš z Ústavu histológie a embryológie LF UK v Hradci Králové.
V období budovania, materiálneho zabezpečenia Ústavu histológie a embryológie a na začiatku pedagogickej i vedecko-výskumnej činnosti bol jeho prednostom MUDr. I. Porazik (1949–1953). Neskôr bol poverený vedením ústavu MUDr. A. Kočiš (1953-1956). V ďalších rokoch sa vedenie ústavu postupne menilo, prednostom ústavu sa stal doc. MUDr. L. Hrubý, CSc. (1956-1961). Po jeho odchode z Košíc prednostom ústavu sa stal prof. MUDr. Jozef Maršala, DrSc. (1961-1986). V rokoch 1986-89 dočasne viedol ústav prof. MUDr. Alojz Gomboš, DrSc. V roku 1990-1991 po rehabilitácii, bol prednostom opäť prof. MUDr. Ivan Porazik. V rokoch 1991-1997 viedol ústav doc. MUDr. Ladislav Zachariáš, CSc. a v období 1997-2010 prof. MVDr. Mikuláš Pomfy, CSc.
V rokoch 2010-2012 bola poverená vedením ústavu prof. MUDr. Eva Mechírová, CSc., od marca 2012 do augusta 2015 viedla ústav doc. MVDr. Jarmila Veselá, CSc.
Od septembra 2015 vedie ústav znova prof. MUDr. Eva Mechírová, CSc.
