Počiatočné obdobie budovania farmakologického ústavu bolo charakterizované počiatočnými problémami výstavby a začínajúcou organizáciou výuky farmakológie.
Pôvodný názov ústavu bol Ústav pre farmakológiu a farmakognóziu a vedením ústavu bol poverený v roku 1948 odborný asistent MUDr. Miloš Lukasiewicz. Bol žiakom profesora MUDr. Františka Šveca a od roku 1944 do roku 1948 bol asistentom prof. Šveca na Farmakologickom ústave v Bratislave. Organizácia Lekárskej fakulty v prvých rokoch až do vytvorenia Univerzity Pavla Jozefa Šafárika bola organizovaná ako pobočka Lekárskej fakulty v Bratislave. Z toho sa odvíjala aj výuka a výskum na ústave. Začiatky vo výuke neboli najideálnejšie, pretože väčšina pomocných asistentov boli študenti vyšších klinických semestrov. Výskum sa zameriaval na látky ovplyvňujúce kašeľ – antitusiká a expektorancia. Neskôr sa sledovali aj účinky niektorých emoliencií. Bola to akási predzvesť rozvoja výskumu v oblasti liečivých rastlín o ktorú bol vtedy iba začínajúci záujem, čo však v ďalších rokoch sa podstatne zmenilo a záujem o lieky prirodzeného pôvodu na báze liečivých rastlín sa zaslúžili o ich renesanciu. Po odchode niektorých učiteľov z ústavu nastúpil po dvojročnom pobyte na Ústave biológie na ústav odborný asistent MUDr. A. Nicák. Úspešný rozvoj na poli výuky i vedeckého výskumu bol dovŕšený habilitáciou MUDr. Miloša Lukasiewicza. Bol to významný pokrok, ktorý však bol zabrzdený tým, že 22.6.1962 náhle v plnom pracovnom zanietení zomiera vedúci ústavu. Jeho, pomerne krátke, ale plodné obdobie vedeckej práce znamenalo 56 publikovaných prác doma i za hranicami. Táto strata znamenala spomalenie v rozvoji ústavu vzhľadom na to, že ďalší pracovníci sa ešte len pripravovali na riešenie kandidátskych prác. Toto zložité obdobie bolo prekonané až po určitom čase, počas ktorého bol dočasne poverený vedením odborný asistent MUDr. A. Nicák.
Intenzívny rozvoj experimentálnej farmakológie v českých zemiach predovšetkým na farmakologickom ústave v Prahe a v Hradci Králove, pomohli rozvoju košického farmakologického ústavu. Ide najmä o vtedy už inaugurovaných profesorov, profesorku MUDr. Helenu Raškovú a profesora MUDr. Vojtecha Grossmanna, u ktorého v roku 1964 obhájil MUDr. A. Nicák kandidátsku dizertačnú prácu. O rok neskôr docentskú dizertačnú prácu a v roku 1979 bol menovaný za riadneho profesora. Z ďalších dlhoročných pracovníkov ÚF je možné spomenúť doc. MUDr. Zlatku Šallingovú, CSc., ktorá bola ašpirantkov u profesora MUDr. Grossmanna a úspešne obhájila kandidátsku prácu v roku 1975 a habilitovala v roku 1984.
V roku 1969 po trojročnej práci na Ústave patologickej a experimentálnej fyziológie prišiel na ústav MUDr. Anton Kohút, ktorý v r. 1970 obhájil kandidátsku prácu, v r. 1972 bol vymenovaný za docenta, v r. 1985 obhájil doktorskú dizertačnú prácu a bol vymenovaný za profesora. V tom čase bolo štúdium agresívnych faktorov a faktorov zúčastňujúcich sa na ochrane žalúdočnej sliznice jednou z nosných tém vedecko-výskumnej práce na Ústave farmakológie. Žalúdočná sliznica a mechanizmy jej ochrany pred poškodením boli aj témou kandidátskej dizertačnej práce (1983) a habilitačnej práce MUDr. L. Mirossaya (1994) a habilitačnej práce MVDr. J. Mojžiša CSc. (1996). V roku 2003 obidvaja posledne menovaní úspešne inaugurovali a získali titul profesor. Neskôr úspešne obhájili doktorské dizertačné práce a získali vedecký titul „doktor vied“ (DrSc.). Z ďalšej generácie pedagogických alebo vedeckých zamestnancov môžeme spomenúť doc. MVDr. Martinu Bago Pilátovú, PhD., ktorá na Ústave farmakológie ukončila doktorandské štúdium a habilitovala v roku 2012, ako aj ďalších absolventov denného alebo externého doktorandského štúdia, ktorí ostali pracovať na Ústave farmakológie (MUDr. Martina Čižmáriková, PhD., RNDr. Andrej Miroššay, PhD., PharmDr. Marek Šarišský, PhD., RNDr. Lenka Varinská, PhD., MUDr. Zuzana Solárová, PhD, MVDr. Martina Zigová, PhD alebo RNDr. Matúš Čoma, PhD.) . V neposlednom rade považujeme za dôležité spomenúť aj Mgr. Martinu Hájikovú, ktorá ukončila vysokoškolské vzdelanie popri zamestnaní v študijnom programe Laboratórne vyšetrovacie metódy v zdravotníctve.
