Mikroorganizmy osídľujúce dolnú časť tráviaceho traktu človeka tvoria komplexné spoločenstvá a zohrávajú mimoriadne významnú úlohu v regulácii funkcií hostiteľského organizmu. Produkujú rôzne látky vrátane niektorých vitamínov, mastných kyselín a serotonínu a sú dôležité aj pri zachovávaní správnej funkcie imunitného systému hostiteľa. Podľa aktuálnych poznatkov môžu byť určité zmeny črevnej mikroflóry spojené s rozvojom chronických chorôb. Aj napriek neustálemu vedeckému pokroku v tejto oblasti stále nie sú objasnené korelácie medzi kvalitatívno-kvantitatívnym zložením, funkčnosťou črevnej mikroflóry človeka a rozvojom týchto ochorení. Vedeckovýskumná činnosť pracoviska je vzhľadom k uvedeným skutočnostiam zameraná na detailné štúdium črevnej mikroflóry človeka a možností jej modulácie v prevencii a terapii chronických chorôb ľudí. Výskumné aktivity sú sústredené na zodpovedanie dvoch kľúčových otázok:
Aká je úloha črevného mikrobiómu v patogenéze chronických ochorení?
Aké sú možnosti prevencie chronických ochorení s využitím cielenej modulácie črevného mikrobiómu?
Výskumný tím pozostáva z odborníkov na mikrobiológiu, molekulovú biológiu, biochémiu a imunológiu, a teda má multidisciplinárny charakter. Okrem využívania pokročilých in vitro analýz má pracovisko dlhodobé skúsenosti s in vivo animálnymi štúdiami. Jeho nespornou výhodou je dobré napojenie na klinické pracoviská Lekárskej fakulty a Univerzitnej nemocnice Louisa Pasteura v Košiciach a taktiež spolupráca s priemyselným odvetvím. V súčasnosti majú pracovníci ústavu podané dve patentové prihlášky.
Pracovisko pravidelne organizuje medzinárodné vedecké podujatia ktoré umožňujú kontakt so špičkovými odbornými pracovníkmi z celého sveta. V rokoch 2008 – 2020 ústav organizoval medzinárodnú konferenciu International Scientific Conference on Probiotics and Prebiotics, v roku 2018 Medzinárodný kongres SOMED, v rokoch 2009 a 2010 medzinárodnú konferenciu Food and Function a v roku 2010 medzinárodnú konferenciu International Scientific Conference on Gastro-Intestinal Microbial Ecology.
