Ústav experimentálnej medicíny Lekárskej fakulty Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach bol konštituovaný v roku 1984 ako vedeckovýskumné pracovisko na Univerzite Pavla Jozefa Šafárika pod názvom Ústav experimentálnej a klinickej medicíny. Po troch rokoch sa ústav stal súčasťou Lekárskej fakulty UPJŠ. Prvým vedúcim ústavu sa stal vo februári 1985 doc. MUDr. Jozef Kollár, CSc. Ústav vznikol zlúčením viacerých vedeckovýskumných pracovísk LF na klinikách (vedecké laboratórium pri katedre chirurgie, vedecké laboratórium pri I. a II. katedre vnútorného lekárstva, vedecké laboratórium pri katedre pediatrie a laboratórium experimentálnej morfológie pri katedre anatómie). S prihliadnutím na profiláciu zlúčených vedeckých laboratórií sa v ústave zriadili štyri oddelenia: kardiovaskulárne, biochemicko-metabolické, imunogenetické a morfologické.
Vedeckovýskumná činnosť ústavu bola zameraná na riešenie niekoľkých čiastkových, inštitucionálnych výskumných úloh a grantových projektov v rámci preventívnej kardiológie, preventívnej imunológie, ukazovateľov glykemickej kompenzácie diabetes mellitus, antioxidačných systémov a oxidačného poškodenia pri diabetes mellitus a pri iných ochoreniach.
Od roku 1986 bolo z iniciatívy prednostu ústavu usporiadaných 6 vedeckých konferencií, s ročnou periodicitou, z toho dve so zahraničnou účasťou. V roku 1992 sa v Bardejovských kúpeľoch konalo IX. sympózium o ateroskleróze s medzinárodnou účasťou. Po dlhšej prestávke, spôsobenej väčšími personálnymi zmenami v ústave, nepriaznivou ekonomickou situáciou, ako aj nevyjasnenou otázkou existencie a profilácie ústavu v rámci štruktúr LF UPJŠ, sa nadviazalo na predchádzajúcu tradíciu a Ústav experimentálnej medicíny bol spoluorganizátorom IV. Medzinárodného sympózia o ateroskleróze, ktoré sa uskutočnilo 28.-30.9.2006 na pôde Lekárskej fakulty UPJŠ v Košiciach. Výsledky vedeckovýskumnej činnosti ústavu boli prezentované na vedeckých podujatiach doma aj v zahraničí a publikované v rade domácich a zahraničných vedeckých časopisoch.
Ústav sa počas svojej existencie významne podieľal aj na výchove vedeckých pracovníkov. V spolupráci s klinickými pracoviskami umožňoval doktorandom pracovať na experimentoch a využívať zavedené metodiky na stanovenie rôznych biochemických a imunologických parametrov. Počas pôsobenia na Ústave experimentálnej medicíny dosiahli vedecké a pedagogické hodnosti nasledovní interní pracovníci: hodnosť DrSc. – doc. MUDr. J. Kolár, CSc., hodnosť doc. – MUDr. M. Kuchta, CSc., hodnosť PhD. (MVDr. E. Hijová, MVDr. G. Mojžišová, RNDr. D. Petrášová, RNDr. A. Šipulová), hodnosť CSc. – MVDr. M. Siroťáková.
V roku 2006 bola prijatá nová dlhodobá koncepcia činnosti ústavu pre obdobie 2006 – 2013, ktorá bola následne aktualizovaná pre obdobie 2014 – 2020. Sú v nej jasne definované ciele v oblasti nového výskumného programu, budovania výskumného tímu a infraštruktúry ústavu, domácej a zahraničnej spolupráce a v pedagogickej činnosti. Hlavným cieľom je vybudovanie špičkového výskumného pracoviska zameraného na výskum prevencie a terapie chronických chorôb, uplatňujúceho interdisciplinárny prístup a tímovú prácu a zapojenie sa do medzinárodných výskumných konzorcií, ktoré sa uchádzajú o významné projekty, predovšetkým v rámci programu EÚ Horizon 2020.
Prednostovia ústavu
1985 – 1998 doc. MUDr. Jozef Kollár, CSc.
1998 – 1999 RNDr. Darina Petrášová, PhD.
1999 – 2005 doc. MUDr. Milan Kuchta, CSc.
2005 – 2006 RNDr. Darina Petrášová, PhD.
2005 – 2020 MVDr. Alojz Bomba, DrSc.
Od 2020 RNDr. Izabela Bertková, PhD.
