Históriu kliniky začal písať rok 1952, v ktorom bol pri internej klinike FN na Rastislavovej ulici zriadený ordinariát pre choroby z povolania. Ordinárom sa stal MUDr. Bernard Gomboš z internej kliniky po absolvovaní odborného školenia na pražskej klinike nemocí z povolání.
V r. 1960 pri internej klinike v XV. pavilóne FN zriadila 20-lôžkové pododdelenie chorôb z povolania s ambulantnými miestnosťami, 4 laboratórnymi a 1 inhalačnou miestnosťou.
Od roku 1964 pracovisko – ako samostatné oddelenie chorôb z povolania (pod vedením primára MUDr. B. Gomboša), bolo presťahované do I. pavilónu FN, kde získalo väčší počet miestností a 25 lôžok. Pôvodné laboratórium na toxikologické vyšetrenie sa rozšírilo o laboratórium na vyšetrenie pľúcnych funkcií.
Inhalatórium pre terapiu ochorení dýchacích ciest bolo vybudované v r. 1961 a slúžilo i pre účely iných kliník a oddelení FN.
V roku 1975 na báze oddelenia vznikla Klinika pre choroby z povolania LF UPJŠ, jej prednostom sa stal doc. MUDr. B. Gomboš, CSc.
Klinika bola v roku 1981 presťahovaná do XVIII. pavilónu, s 30 lôžkami, ambulantným traktom a toxikologickým laboratóriom. Rozšírili sa služby toxikologického laboratória, ktoré poskytuje špecializované vyšetrenia, modifikované hlavne pre potreby pracovného lekárstva, ale aj iných klinických pracovísk.
Na základe novej koncepcie kliniky a v súlade s rozhodnutím MZ SR vznikla 1.8.1996 Klinika pracovného lekárstva a klinickej toxikológie LF UPJŠ a FN L. Pasteura v Košiciach. Dňa 1.8.2004 bolo MZ SR zriadené Národné centrum pre profesionálne ochorenia dýchacieho systému.
