II. KDD vznikla zlúčením interného a dojčenského oddelenia DFN so sídlom na Moyzesovej č. 9. a ich presťahovaním do areálu na Triede SNP č. 1, čím pôvodne dňa 1.02.2004 vzniklo Detské oddelenie DFN na 5. poschodí monobloku UN LP. Následnou transformáciou oddelenia na základe Dohody o zriadení výučbových základní bola dňa l.05.2004 zriadená súčasná II. KDD.
V roku 2010 sa klinika presťahovala do nových priestorov v areáli DFN na Triede SNP 1, čím vznikli podstatne vhodnejšie podmienky pre hospitalizáciu, diagnostiku a liečbu malých pacientov a zároveň sa výrazne zlepšili podmienky pre pedagogickú činnosť. II. KDaD disponuje 50 lôžkami, z nich je 30 vyhradených pre dojčatá a batoľatá, 20 pre väčšie deti. Počet hospitalizovaných pacientov za ostatné roky je v priemere 1.600 – 1.900 ročne, navyše hospitalizujeme ročne 450 – 500 sprievodcov.
Personálne je klinika v súčasnosti pokrytá odborníkmi vo viacerých nadstavbových pediatrických odboroch (gastroenterológia, kardiológia, endokrinológia, diabetológia a poruchy metabolizmu, hematológia, nefrológia, neonatológia, pneumológia a ftizeológia, klinická genetika, biochémia, dorastové lekárstvo). Odborníci kliniky zabezpečujú aj činnosť viacerých špecializovaných centier DFN (pre fenylketonúriu, liečbu rastovým hormónom, diagnostiku a liečbu chronických hepatitíd, liečbu inzulínovými pumpami, pre poruchy metabolizmu lipidov, CAH).
V súčasnosti pracuje na klinike spolu: 32 lekárov (z nich 12 úväzkovo a 6 sú neatestovaní), 6 sú asistenti a odborní asistenti, 1 mimoriadny prof., 1 docent, 3 denní doktorandi, 28 sestier pri lôžku, 10 ambulantných sestier, 5 zdravotníckych asistentov, 1 dokumentátorka, 1 sekretárka, 4 sanitári, 3 pomocný zdravotnícky personál.
Dvanásti lekári kliniky majú súčasne úväzky aj na 11 jednotlivých odborných ambulanciách II. KDD. Spolu v týchto ambulanciách bolo vyšetrených každoročne cca 12.000-14.000 pacientov.
