Chirurgická klinika LF v Košiciach bola zriadená na báze chirurgického oddelenia Štátnej nemocnice v II. pavilóne (terajšia UNLP, Rastislavova 43) a jej prednostom sa 1. septembra 1948 stal prof. MUDr. Ján Kňazovický, ktorý bol súčasne aj prvým dekanom LF v Košiciach. Prednášky z chirurgie sa konali spočiatku v malej miestnosti vedľa ambulancie kliniky na II. pavilóne. Vzhľadom na malý počet poslucháčov (32) pedagogický proces zabezpečovali štyria asistenti, ktorí sa s rovnakým počtom sekundárnych lekárov podieľali na rozsiahlej operačnej a liečebnej činnosti kliniky.
Rast poslucháčov LF v Košiciach si vynútil rozšírenie priestorov kliniky prístavbou k II. pavilónu. Prístavby bola slávnostne otvorená 30.10.1952 a priestorovo obohatila kliniku o poslucháreň pre 120 poslucháčov, ktorá bola pomenovaná po prof. Stanislavovi Kostlivom, zakladateľovi slovenskej chirurgickej školy. Prístavbou získala klinika aj dve operačné sály, 30 postelí, knižnicu, priľahlé priestory v suteréne, a výrazne sa zlepšili podmienky pre realizáciu pedagogického i vedeckovýskumného procesu na klinike.
Pre rozvoj vedeckovýskumnej činnosti chirurgickej kliniky, i ostatných novovzniknutých chirurgických pracovísk, bol veľmi významný rok 1957, keď bolo založené vedecké laboratórium pri chirurgickej klinike. Prvým riaditeľom laboratória bo prof. MUDr. Ján Kňazovický.
Laboratórium bolo zamerané na transplantáciu tkanív a orgánov, reverzibilitu ischémie orgánov, implantáciu cievnych štepov, na zmeny vnútorného prostredia pri rôznych ochoreniach v pre-, per- a pooperačnom období a na metabolizmus bielkovín. Skupina experimentálnej biológie bola zameraná na problémy imunity v spojitosti s transplantáciou orgánov. Vo vedeckom laboratóriu chirurgickej kliniky boli uskutočnené prvé experimentálne transplantácie orgánov (obličiek a srdca) v bývalej ČSSR.
Od roku 1965 (po odchode prof. Kňazovického do dôchodku) až do roku 1980, keď došlo k zlúčeniu vedeckého laboratória chirurgickej kliniky s vedeckými laboratóriami ostatných kliník a k vzniku ústavu experimentálnej medicíny UPJŠ, bol jeho vedúcim prof. MUDr. E. Matejíček, DrSc.
V šesťdesiatych rokoch narastal počet poslucháčov a s ním pribúdali pedagogické povinnosti aj na chirurgickej klinike. Klinika sa personálne rozrástla, počet asistentov stúpol na desať a na desať sa zvýšil aj počet sekundárnych lekárov. Zvýšený počet pracovníkov kliniky v rezorte školstva i v rezorte zdravotníctva, ale aj dynamický rozvoj chirurgie a jej nadstavbových odborov v päťdesiatych a šesťdesiatych rokoch, orientoval pracovníkov kliniky aj k zameraniu sa na špecializáciu v užších oblastiach chirurgie, ktoré sa neskoršie stali jej nadstavbovými odbormi. Z uvedených dôvodov v rámci chirurgickej kliniky postupne došlo k vytvoreniu špecializovaných skupín, resp. pracovných úsekov, ktoré rozvíjali odbornú, pedagogickú i vedeckú činnosť v príslušnej oblasti chirurgie a postupne sa stali základom k vytvoreniu samostatných oddelení – a neskôr kliník – ako nadstavbových chirurgických odborov: Klinika plastickej a rekonštrukčnej chirurgie, Klinika úrazovej chirurgie, Neurochirurgickej kliniky a prakticky aj kliniky anesteziológie a resuscitácie.
Po odchode prof. MUDr. Kňazovického do dôchodku bol na základe súbehu v roku 1965 do funkcie prednostu chirurgickej kliniky menovaný prof. MUDr. Emil Matejiček, DrSc., ktorý r rokoch 1964-1969 vykonával aj funkciu rektor UPJŠ a v rokoch 1972-1986 funkciu ministra zdravotníctva SSR.
V roku 1974, v roku 50. výročia otvorenia bývalej Štátnej nemocnice v Košiciach – terajšej UN L. Pasteura, bol slávnostne odovzdaný do užívania jej nový chirurgický monoblok. Do jeho priestorov bola z II. pavilónu premiestnená chirurgická klinika s 225 lôžkami a jej vedecké laboratórium. V novovybudovanej poliklinike FN bola zriadená poliklinická ambulancia chirurgickej kliniky a operačná sála pre ambulantné chirurgické výkony.
Výnosom MZ SR zo dňa 29. januára 1990 vytvorená chirurgická klinika vtedy ešte FN L. Pasteura ako výučbová základňa LF UPJŠ v Košiciach s Oddelením detskej chirurgie. Od 1.9.1991 je táto klinika označovaná ako II. chirurgická klinika.
Rozhodnutím MZ SR oddelenie detskej chirurgie II. chirurgickej kliniky od 2. januára 2004 bolo prevedené do Detskej fakultnej nemocnice Košice, Trieda SNP č.1
Vzhľadom k tradícii hrudníkovej chirurgie od začiatku činnosti chirurgického oddelenia Štátnej nemocnice v Košiciach v r. 1924 a od r. 1948 a k počtu, rozsahu a výsledkom hrudníkových operácií, ktoré sa vykonávajú na II. chirurgickej klinike a v snahe zlepšiť starostlivosť o pacientov s ochoreniami dýchacích ciest, bolo rozhodnutím MZ SR s účinnosťou od 2.8.2004 vytvorené Centrum pľúcnych chorôb a hrudníkovej chirurgie, a II. chirurgická klinika sa stala pracoviskom pre poskytovanie komplexnej starostlivosti v oblasti hrudníkovej chirurgie pre celý Východoslovenský región s perspektívou stať sa garantom špecializačného štúdia na LF UPJŠ v špecializácii hrudníková chirurgia.
II. chirurgická klinika spolupracuje s viacerými chirurgickými pracoviskami na Slovensku aj v zahraničí. Uznaním veľmi plodnej, úspešnej spolupráce s III. chirurgickou klinikou I. LF UK Praha bolo na základe návrhu vedenia II. chirurgickej kliniky, vedenia LF a UPJŠ v roku 2003 udelelenie čestného akademického titulu „doctor honoris causa UPJŠ“ prof. MUDr. Pavlovi Pafkovi, DrSc., prednostovi III. chirurgickej kliniky I. LF UK Praha, ktorý je považovaný za významnú chirurgickú osobnosť doma i v zahraničí, hlavne v oblasti hrudníkovej chirurgie a v roku 1997 ako prvý v posocialistickom tábore uskutočnil transplantáciu pľúc.
Pedagogická činnosť:
II. chirurgická klinika sa podieľa na teoretickej a praktickej výučbe chirurgickej propedeutiky pre poslucháčov všeobecného lekárstva a zubného lekárstva od III. až po VI. ročník, a to tak našich, ako aj zahraničných študentov a študentov bakalárskeho štúdia v študijnom programe Fyzioterapia, predmet Chirurgia v 2. ročníku. Prof. MUDr. Július Vajó, DrSc. bol od roku 1991 do roku 2005 kordinátorom výučby chirurgie na LF UPJŠ. Ako prednášateľ a člen skúšobnej komisie sa zúčastňoval na postgraduálnej výučbe chirurgie v rámci IVZ Bratislava. II. chirurgická klinika bola od roku 1987 školiacim miestom pre chirurgiu v rámci postgraduálnej výchovy chirurgov východoslovenského regiónu pred kvalifikačnou atestáciou z chirurgie II. stupňa.
Po odchode prof. MUDr. J. Vajóa, DrSc. do dôchodku, na základe konkurzného konania od 1. novembra 2005 prednostom kliniky bol menovaný MUDr. Jozef Belák, PhD.
Vedecko-výskumná činnosť:
Vedeckovýskumná činnosť II. chirurgickej kliniky sa zameriavala v minulosti na riešenie otázok ischémie tkanív a orgánov, problémy ischemicko-reperfúzneho syndrómu a na úlohu voľných kyslíkových radikálov, ako aj na možnosti ich ovplyvnenia pri rozvinutí tohto syndrómu. V oblasti hrudníkovej chirurgie sa klinika venuje problematike transplantácie priedušnice. V rámci doktorandského štúdia je riešená problematika účinku látok prírodnej povahy na hojenie rán v experimente. Mimo uvedenej nosnej témy sa vedeckovýskumná práca kliniky zameriava aj na klinické pozorovania a hodnotenie diagnostických a liečebných postupov, ako aj rozborov klinických stavov a kazuistík z oblasti všeobecnej chirurgie, hrudníkovej chirurgie a intenzívnej starostlivosti v chirurgii.
Prednášková a publikačná činnosť:
Pracovníci II.chirurgickej kliniky sa pravidelne zúčastňujú významných odborných podujatí kde formou prednášok prezentujú svoje odborné a vedecké prednášky. Svoje odborné a vedecké práce publikujú v renomovaných domácich aj zahraničných časopisoch. Prof. MUDr. J. Vajó, DrSc. je spoluautorom vysokoškolskej učebnice Všeobecná chirurgia (1991), vysokoškolských skrípt Špeciálna chirurgia (1993), publikácie Štandardné terapeutické postupy (1996, 2001), autorom 21 hesiel vo Vademecum medici, 6. vydanie, v r. 2003 a koeditorom Princípy chirurgie (2007).
Z II. chirurgickej kliniky bola vydaná monografia: Július Vajó: Náhle angiochirurgické príhody a akútny ischemicko reperfúzny syndróm v klinickej praxi, TypoPress Košice, 1996, 152 s., ktorej bola za rok 1996 udelená prémia Literárneho fondu SR a Kostlivého cena Slovenskej chirurgickej spoločnosti. V roku 2005 boli vydané vysokoškolské učebné texty – Janík M., Belák J., Kudláč M., Vajó J.: „Torakochirurgia pre medikov“.
