V priebehu rokov 2021 a 2022 prebieha proces zosúlaďovania študijných programov v súlade s Akreditačným poriadkom UPJŠ a štandardmi SAAVŠ. Samotné vytváranie študijných programov na UPJŠ je realizované na základe prijatých pravidiel Vnútorného systému kvality vysokoškolského vzdelávania (VSK). Podporu a rozvoj VSK, kvality výskumnej, vývojovej, umeleckej alebo ďalšej tvorivej činnosti a kvality podporných činností univerzity koordinuje Rada pre vnútorné overovanie kvality. Kvalitu študijných programov na bakalárskom (I. stupeň), magisterskom (II. stupeň) a spojenom bakalárskom a magisterskom (spojený I. a II. stupeň) stupni štúdia v jednotlivých študijných odboroch (ŠO) zabezpečujú a overujú Rady študijných programov (RŠP). Kvalitu študijných programov na III. stupni štúdia (doktorandské štúdium) zabezpečujú RŠP v spolupráci s Odborovými komisiami študijných programov.
Rady študijných programov – pregraduálne štúdium (I., II. a spojený I. a II. stupeň štúdia)
Rady študijných programov v ŠO – postgraduálne štúdium (III. stupeň štúdia)