Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach sa hlási k tradícii Košickej univerzity (Universitas Cassoviensis), ktorú založil jágerský biskup Benedikt Kišdy v roku 1657.
Existenciu univerzity potvrdil 7. augusta 1660 rakúsky cisár a uhorský kráľ Leopold I Zlatou bulou – touto listinou boli Košickej univerzite priznané všetky práva, zvyklosti a privilégiá, aké mali najstaršie univerzity v Rakúsko-Uhorsku, napríklad v Prahe a vo Viedni.
Košická univerzita bola najvýchodnejšia európska univerzita s filozofickou a teologickou fakultou. Okrem filozofie, klasických jazykov a matematiky sa na nej vyučovala aj medicína (označovaná vtedy ako fyzika, pričom dnešná fyzika sa označovala ako mechanika), ktorá obsahovala niektoré prvky predmetov vyučovaných v súčasnosti. Súčasťou univerzity bola aj lekáreň ponúkajúca lieky obyvateľom Košíc a okolitých osád.
Ako mnohé vtedajšie európske univerzity bola aj Košická univerzita vedená jezuitským rádom. Po zastavení jeho činnosti v Rakúsko-Uhorsku prešla univerzita v roku 1772 pod štátnu správu a výučba teológie bola ukončená po presťahovaní teologickej fakulty do Jágru (dnešný Eger v Maďarsku).
Dekrét cisárovnej Márie Terézie z 25. októbra 1773 mal zabezpečiť, aby sa vykonalo všetko potrebné na začatie výučby práva a medicíny v obvyklom termíne pre univerzitné štúdium. Ďalšiu významnú zmenu ale priniesol rok 1776, kedy sa Košická univerzita stala pobočkou Budínskej univerzity. Jej názov sa zmenil na Kráľovskú akadémiu v Košiciach a vyučovala sa tu už iba filozofia a právo, štúdium medicíny bolo po vyše sto rokoch na dlhý čas ukončené.
Základy novodobého štúdia všeobecného lekárstva a stomatológie boli položené v roku 1948 vznikom Lekárskej fakulty v Košiciach ako pobočky Lekárskej fakulty Slovenskej univerzity v Bratislave (terajšia Univerzita Komenského).
