Cenu rektora Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach udeľuje rektor UPJŠ za mimoriadny a významný prínos učiteľov, vedeckých pracovníkov a doktorandov UPJŠ v Košiciach v oblasti vedy a výskumu s cieľom udržať a zvýšiť kvalitu vedeckého výskumu a samostatnej tvorivej činnosti učiteľov, vedeckých pracovníkov a doktorandov UPJŠ v Košiciach.
Rektor udeľuje dve Ceny rektora Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach za významný prínos v oblasti vedy a výskumu, a to:
- Cenu rektora za významný prínos učiteľov a vedeckých pracovníkov Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach v oblasti vedy a výskumu,
- Cenu rektora za významný prínos doktorandov Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach vo vedeckovýskumnej činnosti.
Cenu rektora za pedagogickú činnosť udeľuje rektor UPJŠ za celoživotný alebo dlhodobý výnimočný prínos v oblasti vysokoškolského alebo ďalšieho vzdelávania, čím vyjadruje poďakovanie najvýraznejším osobnostiam z radov akademickej obce UPJŠ za ich pôsobenie pri rozvoji vzdelávania tak na UPJŠ v Košiciach, ako aj v celospoločenskom kontexte.
Cenu rektora Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach za pedagogickú činnosť udeľuje rektor v dvoch kategóriách, a to:
- Cenu rektora za výnimočný prínos v oblasti vysokoškolského alebo ďalšieho vzdelávania,
- Cenu rektora za inovatívnosť a zvyšovanie kvality v oblasti vysokoškolského vzdelávania.
Cena rektora udelená v predchádzajúcich rokoch: