Špecializované laboratórium proteomiky
Laboratórium proteomiky Lekárskej fakulty UPJŠ (ŠLP) pod vedením doc. RNDr. Jána Saba, CSc. je vybavené špičkovým hmotnostným spektrometrom MALDI TOF/TOF – Bruker Ultraflextreme, zberačom frakcií, tzv. spotterom – Bruker Proteineer fc II a prístrojom na nanášanie matrice pre MALDI Imaging – Bruker ImagePrep. Na riadenie a vyhodnocovanie meraní sa zakúpil softvér Bruker Compass 1.3 for FLEX series.
Špičková technika v celkovej hodnote viac ako 740 tis. € bola zakúpená z prostriedkov projektu ŠF Budovanie infraštruktúry v centre excelentnosti SEPO-II (ITMS 26220120039).
Hmotnostný spektrometer (obr. 1) slúži na identifikáciu proteínov prostredníctvom určenia ich hmotnosti, hmotnosti ich jednotlivých peptidov a ich fragmentov. Nameraná hmotnostné spektrá sa následne porovnávajú so svetovými databázami hmotnostných spektier proteínov. Výsledkom je jednoznačná identifikácia analyzovaného proteínu. Spotter (obr. 2) je plne automatický robot slúžiaci na at-line prepojenie MALDI TOF/TOF hmotnostného spektrometra so separačnou technikou. Konkrétne sa jedná o separačnú techniku vysoko účinnej kvapalinovej chromatografie (HPLC). Po HPLC separácii sa separované peptidy nanášajú na MALDI terčík s nanesenou matricou. Následne je terčík so vzorkou vložený do prístroja, analyzovaný a vyhodnotený rovnakým spôsobom ako pri MALDI TOF/TOF meraniach. Na prípravu vzorky tkanív, ktoré majú byť podrobené MALDI analýze, sa používa prístroj Bruker ImagePrep (obr. 3). Prístroj rovnomerne nanáša extrémne tenké vrstvy kryštálikov matrice a pomocou optických senzorov kontroluje stav nanesenej matrice, jej homogenitu a hrúbku vrstvy. Takáto kontrola vrstvy nanesenej matrice je nevyhnutná pre dosiahnutie čo najlepšieho rozlíšenia pri MALDI meraní. Softvér Bruker Compass 1.3 for FLEX series je súbor programov nutných pre ovládanie hmotnostného spektrometra MALDI TOF/TOF ako aj spottera a rôznych vyhodnocovacích aplikácií (obr. 4).
Špecializované laboratórium proteomiky je súčasťou Ústavu lekárskej biofyziky Lekárskej fakulty UPJŠ v Košiciach, ktoré je lokalizované v budove teoretických ústavov na Triede SNP 1.
