Pracovisko sa v rámci laboratória biomedicínskej a klinickej mikrobiológie (LBKM) orientuje na štúdium vlastností medicínsky významných mikroorganizmov vo vzťahu k imunitnému systému, diagnostike a prevencie infekčných chorôb, štúdium faktorov virulencie patogénych mikroorganizmov a detekcia ostrovov patogenity. Zisťovanie prevalencie izolátov E. coli (sledovanie prítomnosti betalaktamáz ESBL (typu AmpC, metalo-β-laktamáz, karbapenemáz)) a koliformných baktérií rezistentných k antimikrobiálnym látkam a zhodnotenie vplyvu aplikácie antimikrobiálnych látok a iných faktorov na výskyt rezistentných baktérií u pacientov na fenotypovej a genotypovej úrovni.
Laboratórium biomedicínskej a klinickej mikrobiológie je z hľadiska prístrojovej techniky vybavený prístrojom na sekvenovanie genómu – Genetic Analyzers 3500, Microarray Scanner G2600D, chladiace zariadenie, vzduchotechnické zariadenie. Súčasťou LBKM je aj laboratórium na prípravu vzoriek ako aj uskladnenie bakteriálnych kultúr pri teplote -80 °C, ktoré slúži k opätovnému použitiu a spracovaniu kultúr s optimálnou životnosťou.
Špičková technika v celkovej hodnote viac ako 321 tis. € bola zakúpená z prostriedkov projektu – „Centrum excelentnosti pre výskum faktorov ovplyvňujúcich zdravie so zameraním na skupinu marginalizovaných a imunokompromitovaných osôb“ (ITMS 26220120058).
GENETIC ANALYZERS 3500 – metóda priameho sekvenovania ostáva akýmsi „zlatým“ štandardom medzi genetickými metódami na identifikáciu rôznych produktov amplifikačnej reakcie. Súčasná technika pokročila do takej miery, že je možné bez väčších problémov a ekonomických nákladov určiť prítomnosť génu rezistencie alebo detegovať mutácie spôsobujúce vznik tejto rezistencie.
Genetický analyzátor 3500 (8-kapilárový) predstavuje nový štandard na poli genetickej analýzy systémom kapilárnej elektroforézy. Osem kapilárny genetický analyzátor 3500 sa používa na mnohé aplikácie opätovného sekvenovania (mutačná analýza), mikrosatelitovú analýzu, MLP™, LOH, MLST, AFLP® a SNP validáciu a skríning. Väčšinu aplikácií je možné bežať pri použití jediného polyméru a súboru kapilár.
MICROARRAY SCANNER G2600D – je moderná technológia používaná predovšetkým v molekulárnej biológii a medicíne. Metóda je založená na umiestnenie mnohých mikroskopických kvapiek DNA oligonukleotidov na špeciálny povrch. Môžu to byť krátke úseky génov, alebo iné časti DNA, ktorá je použitá ako tzv. sonda pre hybridizácii s cDNA alebo cRNA vzorkou. Dvoma hlavnými spôsobmi sú „oligonukleotidové čipy“ a „syntetizované čipy“. U „oligonukleotidových čipov“ môže byť sondou oligonukleotid, cDNA alebo malý PCR produkt. „Syntetizované čipy“ sú vyrábané syntézou oligonukleotidových prób priamo na povrchu čipu. DNA čip tak môže obsahovať až 2,1 milióna sond v závislosti na spôsobe výroby.
Laboratórium biomedicínskej a klinickej mikrobiológie je súčasťou Ústavu lekárskej a klinickej mikrobiológie Lekárskej fakulty UPJŠ v Košiciach, pod vedením prof. MUDr. Leonarda Siegfrieda, CSc. v budove teoretických ústavov na Triede SNP 1, sekcia I, 9 poschodie.
