Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach sa hlási k tradícii Košickej univerzity (Universitas Cassoviensis), ktorú založil jágerský biskup Benedikt Kišdy v roku 1657 a ktorej existenciu potvrdil Zlatou bulou zo 7. augusta 1660 cisár Leopold I. Univerzitu s filozofickou a teologickou fakultou viedli jezuiti. Po zrušení jezuitského rádu fungovala od roku 1773 pod dozorom štátu. V súvislosti s prijatím nového organizačného poriadku školskej sústavy v Uhorsku stratila v roku 1777 status univerzity, ktorý bol udelený len univerzite v Budíne (dnes Budapešť). Košická kráľovská akadémia (Academia regia Cassoviensis) naďalej poskytovala vysokoškolské štúdium na filozofickej a právnickej fakulte, ktoré disponovali právom promovať absolventov. Výučba teológie bola v rámci reorganizácie vzdelávania presunutá do Jágru. Od roku 1850 po vydaní štatútu o zriadení cisársko-kráľovských právnických akadémii v Uhorsku sa v Košiciach vyučovalo už len právo, výučba predmetov filozofickej fakulty bola presunutá na gymnázium. Košická kráľovská akadémia pôsobila od školského roku 1850/1851 ako Cisársko-kráľovská právnická akadémia (Caesareo-regia iuris academia). Právnická akadémia ukončila svoju činnosť krátko po vzniku Československej republiky, kedy od roku 1922 Košice prestali po 265 rokoch na krátku dobu byť vysokoškolským mestom.
Dnešná Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach bola oficiálne zriadená v súvislosti so zmenami v organizácii vysokých škôl v Československu v roku 1959, kedy došlo spojeniu košickej pobočky lekárskej fakulty bratislavskej univerzity a Vyššej pedagogickej školy v Prešove. Názov novej univerzity bol zakotvený vo vládnom nariadení č. 69/1959 Zb. Univerzita mala na začiatku svojej novodobej existencie lekársku fakultu so sídlom v Košiciach a filozofickú fakultu so sídlom v Prešove. V akademickom roku 1959/1960 sa na štúdium zapísalo 952 poslucháčov, ktorých vzdelávalo 201 pedagógov. Prvým rektorom sa stal prof. Jozef Pajtáš.
V nasledujúcich dekádach sa univerzita rozšírila o ďalšie tri fakulty – prírodovedeckú (1963, so sídlom v Košiciach), pedagogickú (1964, so sídlom v Prešove) a právnickú (1973, so sídlom v Košiciach). Po spoločensko-politických zmenách z Novembra ´89 pribudli Gréckokatolícka bohoslovecká fakulta a Pravoslávna bohoslovecká fakulta (obe 1990, so sídlom v Prešove).
Výraznú zmenu do života univerzity priniesol rok 1996, kedy došlo zákonom č. 361/1996 Z. z. s účinnosťou od 1. januára 1997 k rozdeleniu UPJŠ na dve vysoké školy – Univerzitu Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach a Prešovskú univerzitu v Prešove. V zväzku UPJŠ ostali lekárska, právnická a prírodovedecká fakulta. V roku 1998 vznikla Fakulta verejnej správy a v roku 2007 najmladšia, Filozofická fakulta UPJŠ v Košiciach. Infraštruktúru univerzity v súčasnosti dotvárajú ďalšie univerzitné pracoviská (Ústav telesnej výchovy a športu, Botanická záhrada, Univerzitná knižnica, Centrum informačných a komunikačných technológií, Študentské domovy a jedálne, Univerzitné poradenské centrum a Centrum celoživotného vzdelávania a podpory projektov UPJŠ).
