Myšlienka zriadiť na Univerzite Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach štúdium verejnej správy vznikla ako výsledok spolupráce s Univerzitou v Bayreuthe. V roku 1993 vznikol na Právnickej fakulte Inštitút verejnej správy, z ktorého sa rozhodnutím prof. Ing. Dušana Podhradského, DrSc. – rektora univerzity č. 1/98 zo dňa 28.10. 1998 v zmysle ustanovenia § 4 ods. 2 a § 13 ods. 2 zák. č. 172/1990 Zb. o vysokých školách v znení neskorších predpisov vytvorila s účinnosťou od 1. 11. 1998 Fakulta verejnej správy. Vznikla tak prvá (doteraz jediná) fakulta svojho druhu v Slovenskej republike a v poradí štvrtá fakulta Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach. Poverenie uviesť rozhodnutie rektora do praxe dostal doc. PhDr. Ladislav Lovaš, CSc., ktorý sa následne stal prvým dekanom Fakulta verejnej správy.
Vznik fakulty reagoval na skúsenosti iných štátov, odborníci ktorých zdôrazňovali potrebu špecifického a súčasne univerzálneho vysokoškolského vzdelania pre prípravu pracovníkov modernej verejnej správy. Význam a poslanie verejnej správy je totiž dôležitým predpokladom rozvoja právneho, demokratického a sociálneho štátu, preto si vyžaduje špecifickú prípravu budúcich pracovníkov (manažérov) v oblasti štátnej správy a samosprávy.
Fakulta verejnej správy sa budovala od základu z hľadiska svojho personálneho zloženia a jeho skvalitňovania, tvorby študijných predmetov, hľadania vzájomných väzieb a súvislosti medzi nimi, obsahového koncipovania štátnych skúšok, ale i tvorby učebných textov, formovania svojho vedeckého programu, či hľadania partnerských vzťahov pre vzájomnú spoluprácu v oblasti verejnej správy doma i v zahraničí.
Od svojho vzniku do 31. 8. 2016 fakulta získala akreditáciu pre študijný program „verejná správa“ vo všetkých troch stupňoch štúdia v dennej aj externej forme, pre študijný program „európska verejná správa“ v prvom a v druhom stupni v dennej forme, a tiež medzinárodný magisterský študijný program v dennej forme „verejná politika a verejná správa v Strednej Európe“ (joint degree), ktorý umožňuje študentom získať diplom platný v Českej republike aj Slovenskej republike. Fakulta zmluvne zabezpečila študentom možnosť získať dvojitý diplom (double degree) v bakalárskom stupni študijného programu „verejná správa“ na Metropolitnej univerzite v Prahe.
Fakulta verejnej správy pripravila a v roku 2004 získala akreditáciu pre študijný program „psychológia“ vo všetkých troch stupňoch štúdia a pre študijný program „sociálna práca“ v bakalárskom stupni, ktoré výrazne posilnili vznikajúcu Filozofickú fakultu UPJŠ v Košiciach odborne aj personálne.
