Botanická záhrada vznikla v roku 1950 ako Botanický ústav Vysokej školy poľnohospodárskeho a lesníckeho inžinierstva v Košiciach, v areáli bývalého Komenského ústavu na Komenského ulici, ktorý je dnes pôsobiskom Univerzity veterinárskeho lekárstva a farmácie.
Po vzniku Univerzity Pavla Jozefa Šafárika sa v roku 1960 stala jej súčasťou, ako účelové zariadenie. Od roku 2003 je vedeckým pracoviskom CITES a od roku 2005 je záchytným strediskom pre rastliny. Všeobecne záväzným nariadením mesta Košice č. 25 z roku 1994 je Botanická záhrada v Územnom systéme ekologickej stability mesta Košice Biocentrom. Je členom Európskeho konzorcia botanických záhrad EÚ EuroGard.
Botanická záhrada pestuje rôzne druhy rastlín na výmere 48 ha. Rozšírila sa na území Červeného brehu až po niekdajšiu baňu na Bankove.
V súčasnosti je Botanická záhrada výskumným a pedagogickým pracoviskom UPJŠ v Košiciach, ktoré sa špecializuje na pestovanie a udržiavanie vybraných druhov ohrozených, zriedkavých, vzácnych alebo inak významných chránených a dekoratívnych rastlín. Ďalej na štúdium biologických charakteristík rastlín a transfer informácií medzi širokú verejnosť.
Jej zamestnanci venujú veľkú pozornosť edukácii a výchovno-vzdelávacej činnosti. Externou formou vyučujú v Ústave biologických ekologických vied a Ústave geografie Prírodovedeckej fakulty UPJŠ šesť študijných predmetov, zabezpečujú potrebný rastlinný materiál na cvičenia pre iné botanické predmety a pre vedeckú činnosť, realizuje rôzne podujatia, aby poznatky dostali medzi ľudí a prispievali k udržateľnému životnému prostrediu.
Návštevníci Botanickej záhrady čoraz častejšie vyhľadávajú veľmi obľúbené výstavy spojené s predajom, ktoré už majú svoju tradíciu.
